牡丹與 芍藥同屬毛蓑科芍藥屬。古時候，牡丹和芍藥是不分的，厥后有了木芍藥和草芍藥的說法；再厥后，木芍藥就成了牡丹，草芍藥就是現在我們所說的芍藥。李時珍在《本草綱目》中說，牡丹“唐人謂之木芍藥，以其花似芍藥，而宿干似木也。群花品中，以牡丹為第一，芍藥第二，故世謂牡丹為花王，芍藥為花相。”在現代，外貌酷似的牡丹和芍藥照樣有不少人分辨不清。實在，只要記著幾點形態上的區別，分辨它們是很容易的。
葉的區別：牡丹的葉子是三瓣的，芍藥的葉子只有一瓣，這是區別二者較直接、較簡單的方式。<0>的葉片先端經常再裂;芍藥的葉片先端是尖的，不再盤據。這一 點從圖上也可以看出來。
株型的區別：芍藥:無論新植的照樣老株均叢生，昔時可生長0.6~1.0米；牡丹：根莖處叢生數枝而成灌木狀，生長緩慢，株型小。
花的區別：牡丹花在綠葉里裹著，芍藥花在綠葉上伸著。芍藥有純白、粉紅、微紅、深紅、紫紅、淡紅、金黃等色，牡丹有白、黃、粉、紅、紫紅、紫、墨紫(黑)、雪青(粉藍)、綠、復色等。芍藥的花徑在15厘米左右；牡丹大小紛歧， 花徑在10-30厘米左右。
開放時間：芍藥在5月上中旬開花，牡丹一般在4月下旬開花，故有“谷雨三朝看牡丹，立夏三朝看芍藥”之說，即牡丹比芍藥早半個月左右開花。
果的區別：芍藥的果實是聚合蓇葖果，2~8枚離生，呈紡錘形、橢圓形、瓶形等，滑膩，有小突尖，每枚有1~5 粒種子，種子玄色或黑褐色，呈圓形、長圓形或尖圓形；牡丹果實為蓇葖果，果呈五角，內有5一15枚大粒種子，呈褐色，種子類圓形，成熟時為橘黃色，老時釀成黑褐色。
莖的區別：這是芍藥與牡丹的本質區別。牡丹的莖為木質，落葉后地上部門不會所有枯死;芍藥的莖為草質，落葉后地上部門所有枯死。正由于云云，牡丹又叫“木芍藥”， 芍藥又名“沒骨花”。你可以摸一摸它們的莖，樹皮像樹一 樣的就是牡丹。芍藥：根部簇生，地下根部生新芽，早春抽出地面，初出葉紅色，莖基部常有鱗片狀變形 葉，生長迅速，草本莖向陽部門多呈紫紅暈，每年都高約50-110厘米，但每年新生的枝秋季經霜后會所有死掉。<0>：莖為木本。枝干直立而脆，圓形，從根莖處叢生數枝而成灌木狀，昔時生枝條較滑膩，枝條大部門仍為草本，黃褐色，莖較粗易折。冬天落葉后，已木質化的枝干還屹立著，不會枯死，未木質化的會干枯死掉。