百年邁株牡丹若秋季管理得好，能保證來年開花實時，花大花多。因此，秋季管理要注重以下幾方面：
一、肥水管理
老株牡丹由于木質層和纖維層薄，運送水分和養分相應較慢，故追施肥料不能過濃，必須薄肥勤施，更不得濃液追施。秋冬以干為宜，不得灌洪水。水多肥濃，牡丹的肉質根系吸收不了，會損傷根系，來年葉片黃化，無花可開，長時間下去會導致植株死亡。
進入秋季，肥水減半，由夏天追施無機肥及有機肥轉為以復合肥為主，厥后有機肥緩施或截至使用。因牡丹是秋季發根，若花芽分化期、孕育期沒有發達的根系，很難保證來年準期開花。
進入秋季，地面濕度大，難以追施其他肥液，追施復合肥較理想。秋季補足肥源，促發牡丹根系結實發育，使枝干增粗，準備足夠的營養，供孕育花蕾。
由秋季轉入冬季，必須控制肥水，以少量餅肥或微生物肥為主(豆餅、小魚、小蝦、貝類)，離根部30厘米左右挖坑追施，松散土質。由于牡丹耐旱耐寒性強，如果不嚴控肥水，晚秋、初冬時氣溫下降，會促進現蕾長葉，遇到突發寒流會凍壞花蕾，影響來年開花。以是，秋冬肥水管理中物候觀測尤為重要。
二、清園修剪
進入冬季，牡丹葉片截至生長，處理休眠期。老株牡丹休眠比一般牡丹要早1周左右，枯葉落地，若秋季雨多，地面濕度大，枯葉覆蓋地面，必須實時清園，掃清所有枯葉，集中處理，以削減來年灰霉病、褐斑病的發生。還要清算好溝槽及排水系統，防止冬季雨雪過多，使牡丹平安越冬。
必須實時剪去病蟲枝、重疊枝、并生枝、細弱枝、朽邁枝、向內生長枝及徒長枝，通過疏剪、短截、除蘗延伸牡丹的壽命。讓牡丹透風透光，不易孳生病蟲害，能保證樹勢不衰，枝粗葉茂。
三、翻土
進入冬季，翻挖土層，使表層土和深層土換取，延續幾回翻曬使土壤松散透氣。清除雜草，清除蟲卵，把追施的有機肥、復合肥、微生物肥等殘留部門調拌均勻再用，削減病蟲害。