接種根瘤菌劑盡管能提高紫花苜蓿的產量和品質，但菌劑使用方式直接影響接種效果，進而影響紫花苜蓿的生長和產量。因此在使用根瘤菌接種劑時，必須考慮以下因素:
1.土壤條件。在一個地區，如果從未栽植過或5年以上沒有種過某種豆科植物(即所謂的新區)，則土壤中很難有與該種豆科植物相匹配的根瘤菌，因此在該種豆科植物的根部也不會形成固氮根瘤。因此在新區栽植紫花苜蓿必須接種相匹配的根瘤菌劑，才會顯出共生固氮的優勢。此外在砂質或養分貧瘠的土壤上，接種根瘤菌也能有用改善紫花苜蓿生長、提高土壤肥力。相反，在延續栽植紫花苜蓿的土壤上，接種根瘤菌劑盡管也能增產，但增幅不大。
2、根瘤菌與紫花苜蓿的匹配性。一般而言，只有接種與該種紫花苜蓿匹配性良好的根瘤菌劑才能實現增產，如果匹配性差，接種根瘤菌劑就沒有增產效果。通常而言，如果接種的紫花苜蓿來自美國或加拿大，接種入口根瘤菌增產效果就非常顯著，如果來自其他國家，就需要舉行嚴格的田間試驗才能確定。
3、施肥程度。施氮程度崎嶇直接影響紫花苜蓿結瘤量，高施氮量抑制根瘤菌的形成，低施氮量則略有促進作用。磷肥能改善根系的生長，進而促瘤的形成。只有綜合考慮上述因素，根據栽植地區的生態環境條件接種根瘤菌，才能提高苜蓿的產量和品質，使寬大生產者得到良好的經濟效益。