(1)莖腐病，重要為害莖和根部。發病初期，根莖部出現淡褐色的病斑，嚴重時植株枯死。防治方式為輪作、土壤消毒及藥劑防治。

防治方式：發病初期向發病部位噴施40％乙膦鋁可濕性粉劑200～400倍液，或用50％敵菌丹可濕性粉劑1000倍液澆灌植株根莖部。

(2)苗腐病，重要為害幼苗。發病初期幼苗近土表的基部或根部呈水漬狀，較后腐爛，以致全株倒伏或調萎枯死。

防治方式：發病初期可噴灑50％多菌靈可濕性粉劑800倍液或75％百菌清可濕性粉劑800倍液。

(3)草銹病，重要為害葉片、嫩莖和花萼。

防治方式：發病初期，可噴灑15％粉銹寧愿濕性粉劑2000倍液或65％代森鋅可濕性粉劑500倍液。

(4)葉枯病，重要發生于葉部和莖部。

防治方式：發病初期，可噴灑等量式波爾多液，或65％代森鋅可濕性粉劑600倍液，或50％萊本特可濕性粉劑2000～2500倍液。

(5)灰霉病，是溫室內種植金魚草的重要病害。植株的莖、葉和花皆可受害，以花為主。

防治方式：發病初期，選用70％甲基托布津可濕性粉劑1000倍液，或50％多菌靈可濕性粉劑800倍液噴霧防治。每隔10～15天噴1次，連噴2～3次。