褐斑病是睡蓮生長歷程中常見的病害。初發時，葉面出現淡黃色小黑點，后逐漸擴展成圓形或近圓形病斑，呈褐色，直徑0.6至10毫米。隨著病情的生長和加重，病斑可達葉面積的1/3至1/2，葉色由綠變黃，葉緣干枯，內卷，后期整個葉片焦枯，葉片及葉柄出現一層墨綠色的絨毛狀物。受害植株輕者開花延遲，甚至不開花；重者，全株葉片焦枯，直至死亡。
該病是由半知菌亞門絲孢綱叢梗孢目的真菌睡蓮褐斑尾孢菌侵染所致。病菌以菌絲體在病落葉及殘體內越冬。翌年5至6月發生分生孢子借風力和雨水傳播侵染。7至8月發病最重，高溫多濕是病害發生生長的重要因素，尤其是在狂風雨期間，葉片受到損傷或被水淹沒后，極有利于病菌的侵染，常引起病害的迅速伸張。葉片過于麋集，透光不良，以及遭受蟲害后，也易于發病。
防治可從以下幾方面入手。
加強種植管理。除選取結實、無病的地下莖種植外，在生長期間，應實時疏剪病殘老葉，既削減侵染源，又加強透光性。合理配施氮、磷、鉀肥，促使植株生長結實，提高抗病力。
加強防護。在狂風暴雨季節，要采取防護措施，防止大風損傷葉片和水淹沒植株。
化學防治。發病前可噴1至2次1:1:100的等量式波爾多液，能有用地防止病害的發生，發病初期，噴65%代森鋅可濕性粉劑800倍液，或50%多菌靈可濕性粉劑600倍液，每7至10天1次，連噴3至4次，可有用地控制病害的擴展。