水杉的常見病害是立枯病，重要發生在幼苗期。受害幼苗主根及地面莖基部出現紅褐色不定形或橢圓形病斑，發病初期病苗莖葉日間萎蔫，夜間和早晨恢復。病斑繼續向周圍擴展，并逐漸凹陷，較后繞莖1周，莖基部變褐色腐爛。有的木質部露出在外，皮層開裂呈潰瘍狀，較后病株縮短干枯，植株死亡，但一般仍立而不倒，以是稱為立枯病。
濕潤條件下，在發病部位及其周圍表土可見到淡褐色蛛絲狀的菌絲體，不顯著，后期形成粒狀菌核。病部沒有顯著的白色棉絮狀霉，可與猝倒病區別。
立枯病的防治要從繁殖時開始，首先要選擇陣勢高、排水良好、水源利便、避風向陽的地方育苗。其次要加強苗床管理，選用肥沃、松散、無病的新床土，若用舊床土必須舉行消毒處理。肥料要經充分腐熟并施勻。根據土壤濕度和天氣情況，需澆水時，每次不宜過多，且在上午舉行。床土濕度大時，撒干細土降濕。做好苗床保溫工作的同時，多透光、適量透風換氣。
若有立枯病發生，可噴灑65%百菌清可濕性粉劑600倍稀釋液、60%代森錳鋅可濕性粉劑500倍稀釋液或62.2%霜霉威水劑600倍稀釋液。每周噴藥一次，延續噴藥兩三次可有用控制住病情。