紅豆杉扦插2個月后扦插苗莖基部(插穗地下與地上部接壤處)陸續發生莖腐病，由開始個體株致病爾后擴展成整簇致病，導致穗條葉片失綠、枯死和脫落。由于該病重要發生在夏秋高溫季節，扦插苗受高土溫的損傷而為病菌侵入提供了條件，其病害的發生和盛行重要取決于7～8月份氣溫，若發病較早，苗木抗熱能力弱，其發病則重。
扦插苗莖腐病防治措施：
一、即于夏秋間降低苗床土壤表層溫度，防止灼傷苗木莖基部，以免造成傷口導致病菌侵入；增施肥料，以促進扦插苗生長和加強其抗病能力。
二、采取五氯硝基苯粉劑+敵克松粉劑以5g/kg濃度夾雜兌水澆灌，其防治效果較佳達89%，其次為多菌靈+甲基托布津可濕性粉劑以4g/kg濃度夾雜兌水澆灌，其防治效果達83%。
三、大面積防治該病以上述2種方式交替應用,可基本控制扦插苗莖腐病的發生。