日本晚櫻常見的病害有：根瘤病，炭疽病和葉穿孔病。
根瘤病發病時，植株根部出現瘤狀物，形態各異，大小紛歧，顏色為褐色至深褐色，表皮粗拙常出現龜裂狀，發生的部位在地面或靠近地面的根頸部或砧木與接穗結合處。植株受損害后常顯示為生長不良，植株矮小。

防治方式：將受害植株掘起，沖凈土壤，將根在1％的硫酸銅溶液中浸泡5～8分鐘，浸泡后舉行沖洗，然后再栽植；將瘤狀物切除，并在傷口涂抹0.1％升汞溶液，再舉行栽植。

炭疽病發病初期幼嫩葉上著生有圓形病斑，病斑愈合后可形成穿孔，6月份以后葉片變硬，葉面上病斑粗拙，為褐色不規則狀病斑。發病嚴重時，可引起大量落葉，并引起枯芽。

防治方式：用70％代森錳鋅可濕性顆粒1000倍液或50％多菌靈可濕性顆粒500倍液、50％退菌特可濕性顆粒1000倍液交替噴施，連噴3～4次，每次距離7～10天；發病期阻止對植株舉行葉片噴霧。

褐斑穿孔病發病時，葉部初起著生有灰褐色圓形小點，隨著病情生長逐漸形成直徑3厘米左右圓形斑，病斑界限清晰，外部是紫褐色，中部白褐色，帶有輪紋，病斑枯死脫落伍形成不規則的穿孔。

防治方式：發病后可噴施50％加瑞農1000倍液舉行防治，每10天一次，延續噴3～4次，可有用控制病情。