牡丹育種的基本任務有以下幾方面：

一、選育耐濕熱的品種，使牡丹南移，能在長江流域一帶種植。

二、選育開花較早或開花較晚的品種，以延伸群體花期。

三、選育單一花色的新品種，特別是各種新穎花色以及深黃、金黃、橙紅、彩紋、濃綠、紫黑等品種。

四、選育能抗病蟲、抗污染的新品種。

五、選育豐花性、高桿的新品種，作切花材料；

六、選育豐花性、矮生或中生的新品種，供盆栽園林綠化之用。

牡丹育種重要通過以下途徑：

一、引種：如近年洛陽、菏澤、上海從甘肅等地引入紫斑牡丹品種50余個，從日本引入外洋品種40多個，一般顯示尚好。為培育耐濕熱新品種，可引用自然授粉種子在當地播種，對實生苗舉行進一步的馴化。

二、株選或芽變選種。

三、實生苗選種：在壯齡母株上采取自然授粉所結種子，播種后從實生苗中選出更好的新品種。此法各地普遍采取。據菏澤、甘肅等地經驗，初選入選植株可占總株數的10%。

四、品種雜交：要正確選擇親本，排好雜交組合，人工去雄、授粉、套袋，盡管使怙恃本優良性狀互補。

五、種間雜交：牡丹同屬植物另有多種，在育種上還未得到應用。尤其是黃牡丹P.lutea、大花黃牡丹P.lutea var.ludlowii在育種上的應用，有著廣漠的前景。

六、輻射育種。

在評選新品種時，可參考采取百分評分法：

一、花色20分；

二、花徑15分；

三、花容15分；

四、花型10分；

五、花香10分；

六、花期10分；

七、開花朵數/枝10分；

八、株型10分，要求枝葉勻稱，花葉協調，花開葉面之上。以上八項共計100分。

對特殊或有數品種可酌量加分，加分較多不能跨越20-30分。