閩南佛學院分設男眾部和女眾部。男眾部設在南普陀寺內，女眾部設在景致秀麗的金榜山紫竹林寺。

紫竹林寺位于福建省廈門市吳倉社董村，金榜公園左側。舊為「寶山巖」，俗稱「董內巖」，始建于明朝萬歷年間。相傳有當地吳姓村民在此掘地得寶，即營建巖寺，是為「寶山巖」和「董內巖」名稱之由來。巖側原有泉水清冽，據傳宋幼主今后經過，曾掬泉止渴，乃稱為「圣泉」，為禾山四臺甫泉之一。

巖泉于清初兵燹。康熙二十五年(一六八六年)，有同安寺光隱僧人居此重興寺巖，并就地購置寺田，與門徒耕作自食，篤修圣道，并于巖側勒石忠告諸徒：「嚴守田產，持行農禪，躬耕力食，不與眾人爭利。」清末民初，殿堂因蟻蟲蛀蝕傾危，蔣以德居士及地方董事集資于高昂地帶重修大殿及僧舍寮房。

一九四九年后，寺院一度駐扎軍隊，上世紀八十年月末軍隊撤離，由廈門市釋教協會接受，并由南普陀寺及閩南佛學院募建，作為閩南佛學院女眾分院學舍。

一九九一年動工興建，一九九七年年完工。學院女眾入遷，并改稱紫竹林寺。一九九八年八月舉行完工開光儀式。