牡丹常見的病害有紅斑病、灰霉病、褐斑病、銹病、炭疽病、白絹病。在牡丹的整個種植歷程中，往往由于天氣、土壤重茬及管理不善等多種因素導致病蟲害發生，以致危害牡丹的正常生長發育，使其長勢變弱，花色衰退，丹皮產量低，品質差。因此，加強牡丹的病蟲害防治工作是保證其結實生長的重要措施。

上述病害的防治方式是：栽植前用500倍70%的托布津加新高脂膜800倍溶液浸根10分鐘。發病后用用50%多菌靈800倍液加新高脂膜800倍液噴霧。發生銹病須噴300倍敵銹鈉。牡丹的蟲害不多，重要有介殼蟲、蠐螬、卷葉蛾等。蠐螬咬食牡丹根頸部，發生較為普遍而嚴重。當發生蠐螬等地下害蟲為害時，可用5%的辛硫磷顆粒劑(每畝用藥2公斤)均勻撒施于土表，然后翻入土中(約20厘米)，防治效果良好。

在整個防治歷程中，要做到以防為主，群防群治。應重視石硫合劑、波爾多液等傳統殺菌劑的應用，在這些殺菌劑種加入新高脂膜，成本低，效果好。另據觀測，在牡丹地塊中適當間作一部門國槐、杏等喬木樹種，可有用降低葉部病害的發生，促進生長勢的加強，這可能是牡丹在其原產地長期適應自然環境的效果。