銹病是由銹菌目中的銹菌侵染引起的花草病害總稱，為真菌病害。一般在大花萱草中后期產生，5月上旬產生，6-7月產生嚴重，重要危害大花萱草的葉片和花苔，銹孢子飛散后，葉片、花苔枯死。噴灑25％粉銹甘心濕性粉劑800倍液，每隔20天噴一次，三次后防治結果可達90％以上。葉枯病由刺盤孢屬病原真菌引起，是繼葉斑病后產生的苗期病害。一般5月上旬開始發病，6月上中旬產生嚴重，重要危害葉片和花苔，嚴重時全株枯死。用70％百菌清500---600倍液或65％代森鋅500倍液每10-12天噴一次。

大花萱草容易產生蟲害重要是紅蜘蛛和蚜蟲。

紅蜘蛛的防治重要是應用40％三氯殺螨醇乳油1000～1500倍液或20％螨死凈可濕性粉劑2000倍液等舉辦噴施，均可到達抱負的防治結果。蚜蟲的防治重要是選用10％吡蟲啉可濕性粉劑1000倍液或2.5％蚜虱立克乳油3000倍液等噴霧防治。