萱草的重要病害有銹病、葉枯病等；重要蟲害有金龜了、尺蠖等。銹病病發初期，葉片上會有褪綠白點狀病斑，逐漸會生長為黃或銹黃色膿皰狀小點，成熟后皮破會散發出黃粉。銹病可用500倍代森鋅水溶液噴灑預防。病發初期。
要用300倍敵銹鈉水溶液噴灑管理，每10天噴一次。害蟲金龜子，重要危害是咬食萱草的幼芽、葉片、花、花蕾，每年發生一代，危害期是5-8月。可噴灑000倍樂果水溶液管理。尺蠖，重要危害是啃食萱草葉片，危險性大。防治可用50%殺暝松1000倍水溶液噴灑，也可在早春時節，挖除越冬蟲蛹清除之。