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木瓜根腐病重要為害根頸部及根部，以病菌在土中越冬，成為第二年感染源，由活動水傳播；育苗期和定植不久的苗木較容易感染，植株發病初在莖基出現水漬狀，后變褐腐爛，葉片枯萎，植株枯死，根變褐壞死。防治方式：
1.苗地和定植地要排水良好，阻止積水，同時噴灑新高脂膜形成保護膜，保墑，防止氣傳性病菌的侵入。
2.阻止連作，發現嚴重病株時實時要拔除，病穴要灌藥液加護樹將軍消毒，后翻曬。
3.對于發病初期病株應實時噴藥液加新高脂膜形成保護膜，加強藥效，抑制土壤病蟲害的繁衍并配合全園噴灑護樹將軍消毒。
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