牡丹紫紋羽病，俗稱紫色或玄色根腐病，是牡丹常見的一種真菌性病害。老株和多年連作的園地發病率較高，除牡丹外還危害林果木和農作物。侵染源系存活在土壤中的菌絲體，經接觸感染，危害歷程為幼嫩根先受感染，逐漸擴展至側根、主根及根頸部位，病根初呈黃褐色，嚴重時變為深紫或玄色、濕腐，病根表層有一層似棉絮狀的菌絲體，后期病根表層完全腐爛，但仍完好地套在木質部外圍，且可以上下移動。此病的特點是，危害期長，罹病的牡丹并不會馬上枯死，要經過三五年或更長時間。受害植株生長勢削弱、黃化、葉片變小，呈大小年開花，嚴重時部門枝干或整株枯死。緣故原因是老根腐爛，不生新根，生長受阻，一旦根頸處冒出棉絮狀菌絲體，則說明地下大部門根株已腐爛，植株會很快枯死。可采取以下防治措施：
一、嚴格舉行苗木和土壤消毒苗木用20％的石灰水浸根半小時，或100倍的或波爾多液浸根1小時，再用1％硫酸銅溶液浸根3小時。然后用清水洗凈，再栽植。土壤消毒，可在翻地前，每畝施人2.5％賽力散粉5－7.5公斤或五氯硝基苯粉2.5－5公斤，或硫黃粉10?20公斤，翻人土中。小面積栽植，可舉行苗床或樹穴消毒，用30％液劑“土菌消”500倍液舉行噴灑，每平方米用量3升。
二、加強土壤水肥管理造成根腐病的重要緣故原因，多系施用未經充分腐熟發酵的人糞尿等有機肥料，土壤感染所致。因此，加強土壤水肥管理，重要措施為：
①增施鉀肥，促進新根生長。生長期，可使用0.1－0.2％的磷酸二氫鉀，舉行葉面噴霧，也可在施肥時，加入硫酸鉀或氯化鉀(鹽堿地勿用)，每畝用量5－7.5公斤。
②合理中耕和冬翻，使牡丹園的熟土層，經常保持在25至30厘米左右，防止土壤板結，保持土壤松散，透水透氣性好。
③忌生肥、重肥。人糞尿少用或盡管不用，如施用人糞尿等有機肥料，必須經過充分腐熟發酵。
④實時防治地下害蟲。蠐螬咬破的根株，易感染根腐病。因此，每年早春，要實時噴灑敵百蟲800倍液或辛硫磷1000倍液。
⑤適當把握牡丹的澆水次數及澆水量，尤其早春和夏末菌絲體活動期，當土壤含水量不少于60％時，盡管少澆或不澆水，以削減感染。
三、舉行灌根治療對發病嚴重的植株，可挖出燒掉，或切除病根經消毒后重新栽植。對初發或病情較輕的植株，可舉行開溝灌根治療。下列藥物對根腐病有一定療效，可選擇使用：波美1度石硫合劑(2.5一7.5公斤／株)；200一500倍硫酸銅溶液(5一7.5公斤／株)；退菌特可濕性粉劑500－800倍液(1.5一2.5公斤／株)；70％甲基托布津1000倍液(1.5－2.5公斤／株)。于早春或夏末，沿株干周圍開挖3一5條放射狀溝，長同樹冠，寬20一30厘米，深30厘米左右，將根部露出出來更好，灌藥后封土。
四、客沙換土將患病植株根頸周圍的土壤挖出來，換人清潔的新沙土，半年后再換一次。
五、晾根和挖溝隔離將患病植株周圍的土扒開使病根露出在空氣中，經日光曝曬和透風，以減輕和抑制病情的生長，早春至秋末均可舉行。另在罹病和健康植株之間，視株根分布深度，開挖60一80厘米深的溝，以防止和阻斷菌絲體延伸造成接觸感染。
六、為防止牡丹根腐病的蔓延和感染，牡丹園周圍，宜栽植松、柏樹，不宜栽楊、柳、槐樹和白臘。