牡丹常見的病害重要有葉斑病、褐斑病、銹病、白粉病、根結線蟲病、炭疽病等。

葉斑病 此病的病原多為毛胞屬的真菌，重要侵染葉片、新枝。一般在花后15天即五月中旬為發病初期，隨7月中旬氣溫上升而加重。顯示病狀：初期葉背有褐色黑點，邊緣略深，為不規則圓心環紋枯斑，枯斑連通后葉片枯焦干枯。病菌在病株、莖、葉、土壤中過冬。

防治方式：入冬前將落葉焚燒，消除病源，花后實時噴波爾多液(1∶1∶160倍)，1周1次至7月尾。

褐斑病 病源為黑座孢，重要危害葉部。初期葉背出現2～10mm圓點，中心漸成黃褐色或灰褐色。正面呈細小黑點，顯微鏡下呈絨毛狀。氣溫高、濕度大時為此病發病高峰期。

防治方式：實時去病葉且清除清潔，發病期用75%百菌清800倍液、50%代森錳鋅500倍液噴10～15天1次，延續噴施2?3次。

白粉病 病源為芍藥白粉菌。發病初期葉片正面形成一層白色粉狀斑，后期兩面葉柄上均有污白色粉層且微生許多小黑點，此為病菌的閉囊殼。常在5月上旬發生，8月下旬為發病高峰。

防治方式：初期噴20%粉銹寧1500倍液，10～15天1次，延續3次。

根結線蟲病 重要危害牡丹根部，受害后根部呈叢簇狀細根，連年染病會使植株日漸虛弱，花后葉緣變黃至全葉枯焦早落，受害嚴重的不開花，植株矮小甚至死亡。

防治方式：加強植物檢疫，防止傳播，條件允許可輪作。可用呋喃丹顆粒劑，每平方米15克。同時加強養護程度提高植株抗病力。