番木瓜一般用種子繁殖，要使種子繁殖出的苗結實，不出現不效果的植株，在留種上應把好幾個關。

一是選擇優良的群體。優良群體是指在整個果園中，番木瓜的各個植株品種、高矮、花的性別和果的形狀比較穩定，雄型兩性株也即開雄型兩性花的植株較少，沒有雄株即開雄花不效果的植株，沒有花葉病植株或病株很少。如果發現有雄株，必須實時砍掉。發現有花葉病植株應馬上砍掉并銷毀，防止花葉病傳到其他的植株上。

二是選擇優良的植株，也就是選擇生長結實、抗病性強的植株，而且要耐濕、抗旱的植株。植株的節密，每片葉的葉腋都有開花，開花效果早，果實成熟早，果大，味甜。

三是在選擇優良群體和優良單株的基礎上，還要注重選擇單株上的優質果來采集種子。果實發育必須正常，果形正直，不能采畸形果，也不能采沒有成熟的果，或者是在樹上未轉黃而采下來后催熟或后熟的果。采果的較適時機是果實有三分之二以上釀成黃色，采后放1－2天再取出種子。

較后一個環節是種子取出以后，堆漚4－6天，目的是使包在種子外面的一層假種皮腐爛，洗清潔后漂去不充分的種子，去除白色未成熟的種子，晾干即可以播種。