銀杏樹的重要病害有銀杏樹葉枯病和干腐病，均為真菌性病害。葉枯病可在生長前期用25% 的多菌靈500倍液或70%的甲基托布津600倍液噴布2～3次，并實時清除落葉銷毀。干腐病的防治可參照蘋果。重要蟲害有天牛、蓑蛾、薊馬和卷葉蛾。薊馬為害銀杏樹幼嫩葉片，可在生長前期噴2.5%的敵殺死乳油2000倍液或20%的速滅殺丁乳油3000倍液，也可用40%的樂果或氧化樂果乳油1000～1500倍液舉行防治。卷葉蛾幼蟲初夏綴葉蛀食，可人工摘除蟲苞、卷葉，在成蟲發生時掛糖醋罐誘殺，或噴50%的辛硫磷乳油1000倍液防治。